Полный пересказ сюжета Assassin’s Creed Black Flag: Resynced (Содержит спойлеры)
В отличие от оригинала 2013 года, ремейк отказался от рамочной истории про офис Абстерго — здесь нет ни оригинального, безымянного сотрудника из современности, ни хакерских мини-игр в коридорах корпорации. Resynced целиком и полностью сосредоточена на историческом периоде и судьбе валлийского капера, а затем пирата Эдварда Кенуэя.
1715 год, вскоре после подписания Утрехтского мирного договора. Британская корона распускает флот каперов, и многие из них, включая Эдварда Кенуэя, остаются без дела и без денег. Отчаявшись прокормить семью, Эдвард ввязывается в стычку и убивает человека по имени Дункан Уолпол — на деле оступившегося ассасина. Обыскав тело, Эдвард обнаруживает белый плащ с капюшоном и понимает, что убитый направлялся на важную встречу тамплиеров в Гаване.
Не долго думая, Эдвард присваивает себе личность и костюм Уолпола и является на встречу вместо него. Там он знакомится с Вудсом Роджерсом и кубинским губернатором, гроссмейстером тамплиеров Лауреано Торресом. Тамплиеры ищут человека по прозвищу Мудрец — единственного, кто способен привести их к загадочному артефакту Первой цивилизации под названием Обсерватория, устройству, способному следить за любым человеком на планете по капле крови. Обманутый по поводу обещанного вознаграждения, Эдвард пытается вести собственную игру и расстроить планы новых знакомых, но раскрытый обман оборачивается против него: его продают в рабство. Оттуда он сбегает, попутно захватив быстроходный испанский бриг — тот самый корабль, который станет его домом на долгие годы и получит имя «Галка».
Тем временем группа знаменитых пиратов — Эдвард Тэтч по прозвищу Чёрная Борода, Бенджамин Хорниголд и Мэри Рид, скрывающаяся под именем Джеймса Кидда — мечтает построить в Карибском море пиратскую утопию, свободную от королей и церкви. Тэтч и Хорниголд уже захватили Нассау и провозгласили пиратскую республику, но плохое управление, отсутствие экономики и болезни грозят её крахом. Кенуэй сближается с этой компанией и пытается помочь удержать республику на плаву, но опаздывает: тамплиеры пользуются хаосом в своих целях. Итог трагичен — Чёрную Бороду убивают британцы, Хорниголд переходит на сторону тамплиеров, а разочарованная Мэри всё больше времени проводит с ассасинами в Тулуме. Именно эта сюжетная линия в ремейке получила больше всего новых сцен: истории Чёрной Бороды и Стида Боннета, обиженные вниманием в оригинале, теперь раскрыты куда подробнее — у обоих персонажей появились собственные развёрнутые арки.
Параллельно Эдвард, Джон Рэкхэм и Чарльз Вейн пытаются выследить Мудреца — им оказывается пират Бартоломью Робертс. Но Рэкхэм предаёт компаньонов и бросает их на необитаемом острове. Выбравшись, Эдвард всё же находит команду Робертса, вливается в неё и выясняет местоположение Обсерватории. Однако Робертс, в свою очередь, предаёт уже самого Эдварда, и того бросают в тюрьму Порт-Ройала.
Из тюрьмы Кенуэя вызволяет ментор ассасинов Ах Табай, проникший туда, чтобы спасти Мэри Рид и Анну Бонни. Там же Эдвард узнаёт, что Рэкхэма и Боннета уже повесили, а Чарльз Вейн ждёт казни в камере. Мэри вскоре умирает от осложнений после родов — и потрясённый чередой потерь Эдвард наконец официально присоединяется к Братству Ассасинов. Оплакивая друзей, он выслеживает и одного за другим устраняет тамплиеров, стоявших за всей интригой, — Роджерса, Робертса и губернатора Торреса, — а затем закрывает и прячет саму Обсерваторию, чтобы она никогда не попала в чужие руки.
В финале Эдвард получает письмо: его жена Кэролайн умерла, а в Карибском море вот-вот объявится дочь, о существовании которой он даже не подозревал, — Дженнифер Скотт. Именно линии с Кэролайн в ремейке уделили отдельное внимание: сценаристы добавили сцену между супругами, которой не было в оригинале 2013 года, чтобы сильнее раскрыть личную драму героя ещё до этой потери. Попрощавшись с Ах Табаем и пообещав ему продолжать борьбу с тамплиерами, Эдвард отправляется в Лондон. Спустя годы он появляется в театре на представлении «Оперы нищего» вместе с повзрослевшей Дженнифер и своим сыном Хэйтемом — будущим гроссмейстером тамплиеров и одним из ключевых персонажей Assassin's Creed III.
Оригинальный сценарист Дарби Макдевитт вернулся к проекту специально для Resynced: он написал два полностью новых квеста и переработал один из уже существующих. Ближе к финалу игру дополнили целой поздней главой под названием «Мир без золота», а на «Галке» появились три новых члена команды — Люси, Падре и Тобиас Смит, каждый со своей личной сюжетной линией и просьбами к капитану.
При этом из ремейка полностью выпала история Адевале, бывшего квартирмейстера Эдварда, ставшего ассасином, — то есть дополнение Freedom Cry, рассказывавшее о его судьбе спустя десятилетие после основных событий, в Resynced не включили. Разработчики объяснили это тем, что хотели сделать историю целиком сфокусированной на приключениях самого Эдварда — но это решение вызвало недовольство со стороны поклонников оригинала.

